bug in transport modeling output

[Ricardo Borba]

Dear David,

I noticed a strange behaviour in transport output modeling with respect to equilibrium phases and solution mixing information, could you please see if there are some problem with the code?

SOLUTION 0
    temp      25
    pH        3
    pe        4
    redox     pe
    units     mmol/kgw
    density   1
    Ca        40
    Cl        25 charge
    C         25 CO2(g)     -3.5
    -water    1 # kg




SELECTED_OUTPUT 1
    -file                 test transp 1.xls
    -reset                true
    -totals               Ca  Ba  Fe  Mg  Al  S  K
    -equilibrium_phases   Alunite  Barite  Calcite  Chlorite(14A)
                          Fe(OH)3(a)
END

SOLUTION 1-10
    temp      25
    pH        7
    pe        4
    redox     pe
    units     mmol/kgw
    density   1
    -water    1 # kg

EQUILIBRIUM_PHASES 1-10
    Alunite   0 10
    Barite    0 10
    Calcite   0 10
    Chlorite(14A) 0 10
    Fe(OH)3(a) 0 10

TRANSPORT
    -cells                 10
    -shifts                10
    -dispersivities        10*1

END

[dlparkhurst]

You don't give much information about what is strange. Please explain.

Note that you haven't defined cell size, which defaults to 1 m. And you have defined a time step, which I think defaults to zero seconds. So, the velocity is infinite. That could cause something strange.

[Ricardo Borba]

ok, thank you for your message. Let me explain, in output file in each transport step there isn“t the equilibrium phase module, just solution composition, description of solution, distribution of species and saturation indices. I doesn“t matter if you put time is 1 seconds, cell size 1m and idspesivity 1m or another value. If you could run this script you will see what is happen in output file. I tried past/attach it in the message without success.

SOLUTION 0
    temp      25
    pH        3
    pe        4
    redox     pe
    units     mmol/kgw
    density   1
    Ca        40
    Cl        25 charge
    C         25 CO2(g)     -3.5
    -water    1 # kg




SELECTED_OUTPUT 1
    -file                 test transp Parkhurst.xls
    -reset                true
    -totals               Ca  Ba  Fe  Mg  Al  S  K
    -equilibrium_phases   Alunite  Barite  Calcite  Chlorite(14A)
                          Fe(OH)3(a)
END

SOLUTION 1-10
    temp      25
    pH        7
    pe        4
    redox     pe
    units     mmol/kgw
    density   1
    -water    1 # kg

EQUILIBRIUM_PHASES 1-10
    Alunite   0 10
    Barite    0 10
    Calcite   0 10
    Chlorite(14A) 0 10
    Fe(OH)3(a) 0 10

TRANSPORT
    -cells                 10
    -shifts                10
    -time_step             1 # seconds
    -dispersivities        10*0.1
    -warnings              false

END

[dlparkhurst]

Look at your output more carefully.

There is no output for EQUILIBRIUM_PHASES for solutions 0 and 11, which represent cells outside the transport column. Cells 1-10 have EQUILIBRIUM_PHASES output.

If you do not want to see cells 0 and 11, add the following to your TRANSPORT definition:

Code: [Select]

    -print_cells           1-10


[Ricardo Borba]

Thank you for your answear, I know that in select output " test transp Parkhurst.xls" every thing is ok, but I mean that the bug occurs at phreeqc.pqo

[dlparkhurst]

This is the output in the .pqo file for cell 10 after 10 shifts. The Phase assemblage is printed.

Are you not getting the same output?

Code: [Select]

Mixture 10.

  1.000e-01 Solution 9 Solution after simulation 2.                           
  9.000e-01 Solution 10 Solution after simulation 2.                           
  0.000e+00 Solution 11 Solution after simulation 2.                           

-------------------------------Phase assemblage--------------------------------

                                                      Moles in assemblage
Phase               SI  log IAP  log K(T, P)   Initial       Final       Delta

Alunite          -0.00    -1.40     -1.40    1.000e+01   1.000e+01   1.079e-07
Barite            0.00    -9.84     -9.84    1.000e+01   1.000e+01   8.577e-08
Calcite           0.00    -8.48     -8.48    9.999e+00   9.999e+00   4.491e-07
Chlorite(14A)     0.00    68.38     68.38    1.000e+01   1.000e+01   1.885e-08
Fe(OH)3(a)       -0.00     4.89      4.89    1.000e+01   1.000e+01   4.784e-12

-----------------------------Solution composition------------------------------

Elements           Molality       Moles

Al                3.029e-04   3.029e-04
Ba                1.726e-05   1.726e-05
C                 3.458e-04   3.458e-04
Ca                2.745e-02   2.744e-02
Cl                5.504e-02   5.504e-02
Fe                2.916e-08   2.916e-08
K                 4.060e-05   4.060e-05
Mg                4.526e-04   4.526e-04
S                 9.846e-05   9.846e-05
Si                2.716e-04   2.716e-04

----------------------------Description of solution----------------------------

                                       pH  =   7.447      Charge balance
                                       pe  =  10.653      Adjusted to redox equilibrium
      Specific Conductance (µS/cm,  25°C)  = 6014
                          Density (g/cm³)  =   0.99964
                               Volume (L)  =   1.00350
                        Activity of water  =   0.999
                 Ionic strength (mol/kgw)  =   8.361e-02
                       Mass of water (kg)  =   1.000e+00
                 Total alkalinity (eq/kg)  =   1.540e-03
                       Total CO2 (mol/kg)  =   3.458e-04
                         Temperature (°C)  =  25.00
                  Electrical balance (eq)  =  -3.772e-11
 Percent error, 100*(Cat-|An|)/(Cat+|An|)  =  -0.00
                               Iterations  =   3
                                  Total H  = 1.110142e+02
                                  Total O  = 5.550951e+01

----------------------------Distribution of species----------------------------

                                               Log       Log       Log    mole V
   Species          Molality    Activity  Molality  Activity     Gamma    cm³/mol

   OH-             3.647e-07   2.826e-07    -6.438    -6.549    -0.111     -3.77
   H+              4.295e-08   3.576e-08    -7.367    -7.447    -0.080      0.00
   H2O             5.551e+01   9.986e-01     1.744    -0.001     0.000     18.07
Al            3.029e-04
   Al(OH)4-        2.971e-04   2.342e-04    -3.527    -3.630    -0.103     (0) 
   Al(OH)3         4.366e-06   4.451e-06    -5.360    -5.352     0.008     (0) 
   Al(OH)2+        1.354e-06   1.082e-06    -5.868    -5.966    -0.097     (0) 
   AlOH+2          1.213e-08   4.943e-09    -7.916    -8.306    -0.390    -27.15
   Al+3            9.258e-11   1.782e-11   -10.033   -10.749    -0.716    -41.18
   AlSO4+          1.550e-12   1.222e-12   -11.810   -11.913    -0.103     (0) 
   Al(SO4)2-       1.063e-15   8.382e-16   -14.973   -15.077    -0.103     (0) 
   AlHSO4+2        9.880e-21   3.876e-21   -20.005   -20.412    -0.406     (0) 
Ba            1.726e-05
   Ba+2            1.717e-05   6.606e-06    -4.765    -5.180    -0.415    -12.05
   BaSO4           7.044e-08   7.180e-08    -7.152    -7.144     0.008     (0) 
   BaHCO3+         1.797e-08   1.422e-08    -7.745    -7.847    -0.102     (0) 
   BaCO3           9.861e-10   1.005e-09    -9.006    -8.998     0.008    -10.70
   BaOH+           7.869e-12   6.251e-12   -11.104   -11.204    -0.100     (0) 
C(-4)         0.000e+00
   CH4             0.000e+00   0.000e+00  -125.153  -125.145     0.008     35.46
C(4)          3.458e-04
   HCO3-           2.811e-04   2.246e-04    -3.551    -3.649    -0.097     25.12
   CaHCO3+         4.000e-05   3.222e-05    -4.398    -4.492    -0.094      9.82
   CO2             1.774e-05   1.809e-05    -4.751    -4.743     0.008     34.43
   CaCO3           5.457e-06   5.563e-06    -5.263    -5.255     0.008    -14.60
   CO3-2           7.229e-07   2.945e-07    -6.141    -6.531    -0.390     -4.26
   MgHCO3+         6.455e-07   5.047e-07    -6.190    -6.297    -0.107      5.65
   MgCO3           5.294e-08   5.397e-08    -7.276    -7.268     0.008    -17.09
   BaHCO3+         1.797e-08   1.422e-08    -7.745    -7.847    -0.102     (0) 
   BaCO3           9.861e-10   1.005e-09    -9.006    -8.998     0.008    -10.70
   (CO2)2          5.889e-12   6.003e-12   -11.230   -11.222     0.008     68.87
   FeHCO3+         2.363e-17   1.870e-17   -16.626   -16.728    -0.102     (0) 
   FeCO3           5.771e-18   5.884e-18   -17.239   -17.230     0.008     (0) 
Ca            2.745e-02
   Ca+2            2.736e-02   1.124e-02    -1.563    -1.949    -0.386    -17.49
   CaSO4           4.253e-05   4.336e-05    -4.371    -4.363     0.008      7.50
   CaHCO3+         4.000e-05   3.222e-05    -4.398    -4.492    -0.094      9.82
   CaCO3           5.457e-06   5.563e-06    -5.263    -5.255     0.008    -14.60
   CaOH+           6.584e-08   5.210e-08    -7.182    -7.283    -0.102     (0) 
   CaHSO4+         1.288e-11   1.019e-11   -10.890   -10.992    -0.102     (0) 
Cl            5.504e-02
   Cl-             5.504e-02   4.290e-02    -1.259    -1.368    -0.108     18.31
   FeCl+           6.231e-17   4.931e-17   -16.205   -16.307    -0.102     (0) 
   FeCl+2          1.163e-17   4.630e-18   -16.934   -17.334    -0.400     (0) 
   FeCl2+          1.117e-18   8.872e-19   -17.952   -18.052    -0.100     (0) 
   FeCl3           3.733e-21   3.806e-21   -20.428   -20.420     0.008     (0) 
Fe(2)         2.082e-15
   Fe+2            1.978e-15   8.327e-16   -14.704   -15.079    -0.376    -21.51
   FeCl+           6.231e-17   4.931e-17   -16.205   -16.307    -0.102     (0) 
   FeHCO3+         2.363e-17   1.870e-17   -16.626   -16.728    -0.102     (0) 
   FeOH+           9.257e-18   7.353e-18   -17.034   -17.134    -0.100     (0) 
   FeCO3           5.771e-18   5.884e-18   -17.239   -17.230     0.008     (0) 
   FeSO4           3.150e-18   3.211e-18   -17.502   -17.493     0.008     18.97
   Fe(OH)2         1.714e-21   1.748e-21   -20.766   -20.758     0.008     (0) 
   Fe(OH)3-        2.282e-24   1.813e-24   -23.642   -23.742    -0.100     (0) 
   FeHSO4+         9.539e-25   7.549e-25   -24.020   -24.122    -0.102     (0) 
   Fe(HS)2         0.000e+00   0.000e+00  -252.641  -252.632     0.008     (0) 
   Fe(HS)3-        0.000e+00   0.000e+00  -373.745  -373.847    -0.102     (0) 
Fe(3)         2.916e-08
   Fe(OH)3         2.102e-08   2.143e-08    -7.677    -7.669     0.008     (0) 
   Fe(OH)2+        7.456e-09   5.957e-09    -8.127    -8.225    -0.097     (0) 
   Fe(OH)4-        6.830e-10   5.457e-10    -9.166    -9.263    -0.097     (0) 
   FeOH+2          1.618e-12   6.443e-13   -11.791   -12.191    -0.400     (0) 
   Fe+3            1.857e-17   3.574e-18   -16.731   -17.447    -0.716     (0) 
   FeCl+2          1.163e-17   4.630e-18   -16.934   -17.334    -0.400     (0) 
   FeCl2+          1.117e-18   8.872e-19   -17.952   -18.052    -0.100     (0) 
   FeSO4+          1.070e-18   8.498e-19   -17.971   -18.071    -0.100     (0) 
   FeCl3           3.733e-21   3.806e-21   -20.428   -20.420     0.008     (0) 
   Fe(SO4)2-       5.095e-22   4.032e-22   -21.293   -21.394    -0.102     (0) 
   Fe2(OH)2+4      4.719e-22   1.117e-23   -21.326   -22.952    -1.626     (0) 
   FeHSO4+2        2.075e-25   8.138e-26   -24.683   -25.089    -0.406     (0) 
   Fe3(OH)4+5      4.824e-27   1.391e-29   -26.317   -28.857    -2.540     (0) 
H(0)          8.796e-40
   H2              4.398e-40   4.483e-40   -39.357   -39.348     0.008     28.61
K             4.060e-05
   K+              4.060e-05   3.155e-05    -4.392    -4.501    -0.109      9.22
   KSO4-           6.018e-09   4.808e-09    -8.221    -8.318    -0.097     34.35
Mg            4.526e-04
   Mg+2            4.509e-04   1.920e-04    -3.346    -3.717    -0.371    -21.19
   MgSO4           9.576e-07   9.762e-07    -6.019    -6.010     0.008      5.84
   MgHCO3+         6.455e-07   5.047e-07    -6.190    -6.297    -0.107      5.65
   MgCO3           5.294e-08   5.397e-08    -7.276    -7.268     0.008    -17.09
   MgOH+           2.402e-08   1.947e-08    -7.619    -7.711    -0.091     (0) 
O(0)          4.057e-14
   O2              2.029e-14   2.068e-14   -13.693   -13.684     0.008     30.40
S(-2)         0.000e+00
   HS-             0.000e+00   0.000e+00  -123.141  -123.252    -0.111     20.85
   H2S             0.000e+00   0.000e+00  -123.765  -123.756     0.008     36.27
   S-2             0.000e+00   0.000e+00  -128.323  -128.723    -0.400     (0) 
   (H2S)2          0.000e+00   0.000e+00  -248.799  -248.791     0.008     30.09
   Fe(HS)2         0.000e+00   0.000e+00  -252.641  -252.632     0.008     (0) 
   Fe(HS)3-        0.000e+00   0.000e+00  -373.745  -373.847    -0.102     (0) 
S(6)          9.846e-05
   SO4-2           5.489e-05   2.169e-05    -4.261    -4.664    -0.403     15.48
   CaSO4           4.253e-05   4.336e-05    -4.371    -4.363     0.008      7.50
   MgSO4           9.576e-07   9.762e-07    -6.019    -6.010     0.008      5.84
   BaSO4           7.044e-08   7.180e-08    -7.152    -7.144     0.008     (0) 
   KSO4-           6.018e-09   4.808e-09    -8.221    -8.318    -0.097     34.35
   HSO4-           9.528e-11   7.540e-11   -10.021   -10.123    -0.102     40.51
   CaHSO4+         1.288e-11   1.019e-11   -10.890   -10.992    -0.102     (0) 
   AlSO4+          1.550e-12   1.222e-12   -11.810   -11.913    -0.103     (0) 
   Al(SO4)2-       1.063e-15   8.382e-16   -14.973   -15.077    -0.103     (0) 
   FeSO4           3.150e-18   3.211e-18   -17.502   -17.493     0.008     18.97
   FeSO4+          1.070e-18   8.498e-19   -17.971   -18.071    -0.100     (0) 
   AlHSO4+2        9.880e-21   3.876e-21   -20.005   -20.412    -0.406     (0) 
   Fe(SO4)2-       5.095e-22   4.032e-22   -21.293   -21.394    -0.102     (0) 
   FeHSO4+         9.539e-25   7.549e-25   -24.020   -24.122    -0.102     (0) 
   FeHSO4+2        2.075e-25   8.138e-26   -24.683   -25.089    -0.406     (0) 
Si            2.716e-04
   H4SiO4          2.701e-04   2.754e-04    -3.568    -3.560     0.008     52.08
   H3SiO4-         1.452e-06   1.135e-06    -5.838    -5.945    -0.107     28.22
   H2SiO4-2        5.300e-12   2.160e-12   -11.276   -11.666    -0.390     (0) 

------------------------------Saturation indices-------------------------------

  Phase               SI** log IAP   log K(298 K,   1 atm)

  Al(OH)3(a)        0.79     11.59   10.80  Al(OH)3
  Alunite          -0.00     -1.40   -1.40  KAl3(SO4)2(OH)6
  Anhydrite        -2.34     -6.61   -4.28  CaSO4
  Anorthite         3.39    -16.33  -19.71  CaAl2Si2O8
  Aragonite        -0.14     -8.48   -8.34  CaCO3
  Barite            0.00     -9.84   -9.84  BaSO4
  Ca-Montmorillonite   8.30    -36.73  -45.03  Ca0.165Al2.33Si3.67O10(OH)2
  Calcite           0.00     -8.48   -8.48  CaCO3
  CH4(g)         -122.34   -125.14   -2.80  CH4
  Chalcedony       -0.01     -3.56   -3.55  SiO2
  Chlorite(14A)     0.00     68.38   68.38  Mg5Al2Si3O10(OH)8
  Chrysotile       -5.79     26.41   32.20  Mg3Si2O5(OH)4
  CO2(g)           -3.27     -4.74   -1.47  CO2
  Dolomite         -1.64    -18.73  -17.08  CaMg(CO3)2
  Fe(OH)3(a)       -0.00      4.89    4.89  Fe(OH)3
  FeS(ppt)       -126.97   -130.88   -3.92  FeS
  Gibbsite          3.48     11.59    8.11  Al(OH)3
  Goethite          5.89      4.89   -1.00  FeOOH
  Gypsum           -2.03     -6.61   -4.58  CaSO4:2H2O
  H2(g)           -36.25    -39.35   -3.10  H2
  H2O(g)           -1.50     -0.00    1.50  H2O
  H2S(g)         -122.76   -130.70   -7.94  H2S
  Hematite         13.79      9.78   -4.01  Fe2O3
  Illite            6.90    -33.37  -40.27  K0.6Mg0.25Al2.3Si3.5O10(OH)2
  Jarosite-K      -12.28    -21.49   -9.21  KFe3(SO4)2(OH)6
  K-feldspar        1.77    -18.81  -20.57  KAlSi3O8
  K-mica           14.33     27.04   12.70  KAl3Si3O10(OH)2
  Kaolinite         8.63     16.06    7.43  Al2Si2O5(OH)4
  Mackinawite    -126.24   -130.88   -4.65  FeS
  Melanterite     -17.54    -19.75   -2.21  FeSO4:7H2O
  O2(g)           -10.79    -13.68   -2.89  O2
  Pyrite         -206.91   -225.38  -18.48  FeS2
  Quartz            0.42     -3.56   -3.98  SiO2
  Sepiolite        -4.09     11.67   15.76  Mg2Si3O7.5OH:3H2O
  Sepiolite(d)     -6.99     11.67   18.66  Mg2Si3O7.5OH:3H2O
  Siderite        -10.72    -21.61  -10.89  FeCO3
  SiO2(a)          -0.85     -3.56   -2.71  SiO2
  Sulfur          -92.44    -87.56    4.88  S
  Sylvite          -6.77     -5.87    0.90  KCl
  Talc             -2.11     19.29   21.40  Mg3Si4O10(OH)2
  Witherite        -3.15    -11.71   -8.56  BaCO3

**For a gas, SI = log10(fugacity). Fugacity = pressure * phi / 1 atm.
  For ideal gases, phi = 1.


[Ricardo Borba]

yes, I am have the same output, sorry. I didn“t realize that now each shift of all cells is grouped in one transport step.